Στο Μαυρογένειο ΕΠΑΛ Σάμου λειτουργούν οι παρακάτω τομείς και ειδικότητες ανά τομέα:
| ΤΟΜΕΑΣ | ΕΙΔΙΚΟΤΗΤΑ |
| 1. Διοίκησης & Οικονομίας | 1.1 Υπάλληλος Διοίκησης και Οικονομικών Υπηρεσιών |
| 1.2 Υπάλληλος Τουριστικών Επιχειρήσεων | |
| 2. Ηλεκτρολογίας, Ηλεκτρονικής & Αυτοματισμού | 2.1 Τεχνικός Ηλεκτρολογικών Συστημάτων, Εγκαταστάσεων & Δικτύων |
| 3. Μηχανολογίας | 3.1 Τεχνικός Εγκαταστάσεων Ψύξης, Αερισμού & Κλιματισμού |
| 3.2 Τεχνικός Θερμικών και Υδραυλικών Εγκαταστάσεων και Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου | |
| 3.3 Τεχνικός Μηχανολογικών Εγκαταστάσεων & Κατασκευών | |
| 3.4 Τεχνικός Οχημάτων | |
| 4. Ναυτιλιακών Επαγγελμάτων | 4.1 Μηχανικός Εμπορικού Ναυτικού |
| 4.2 Πλοίαρχος Εμπορικού Ναυτικού | |
| 5. Πληροφορικής | 5.1 Τεχνικός Εφαρμογών Πληροφορικής |
| 6. Υγείας, Πρόνοιας & Ευεξίας | 6.1 Βοηθός Βρεφονηπιοκόμων |
| 6.2 Βοηθός Νοσηλευτή |
